Sejarah karya misi Xaverian di Indonesia dimulai di Padang. Para misionaris Italia yang datang dari Cina tiba di sana pada tahun 1951. Mereka memulai karya mereka dengan menggarap bidang pendidikan. Para Xaverian terjun juga ke dalam bidang pelayanan kesehatan. Rumah Sakit Yos Sudarso yang dilayani para Xaverian merupakan rumah sakit yang terkenal di daerah tersebut.

Pada tahun 1952, para imam Kapusin yang berkarya di Padang ditarik ke pusat keuskupan, yakni Medan. Padang, yang sampai saat itu merupakan wilayah Vikariat Apostolik, diserahkan sepenuhnya kepada para Xaverian. Statusnya diubah menjadi Prefektur Apostolik. Mgr. Pasquale de Martino SX, yang diangkat oleh Tahta Suci sebagai Prefek Apostolik Padang, tiba di sana pada tahun 1953. Di Padang, Gereja Katolik semakin mandiri, dan pada tanggal 3 Januari 1961 statusnya diubah lagi menjadi Keuskupan. Uskup pertama adalah Mgr. Ramondo Bergamin SX.

Daerah kedua yang digarap oleh para Xaverian adalah Riau. Mula-mula mereka berkarya di Kepulauan Riau (Bengkalis, Selat Panjang, Bagansiapi-api). Barulah pada tahun 1952 mereka menetap di Pekanbaru, yang waktu itu tidak lebih dari sebuah kampung. Pada tahun enam puluhan Misionaris Xaverian berada pula di Air Molek dan Rengat (Indragiri). Komunitas katolik di daerah ini terdiri dari kaum pendatang dan bersifat majemuk. Mereka adalah dari suku Cina, Jawa dan Batak. Dalam tahun delapan puluhan mulailah gelombang transmigrasi ke Riau, baik yang diprakarsai oleh pemerintah, maupun transmigrasi spontan dari Sumatra Utara. Dalam dasarwarsa kelima ini karya para Xaverian sudah menghasilkan umat yang dewasa dan mandiri. Kini para Xaverian berada di Pekanbaru, Duri, Dumai dan melayani juga komunitas-komunitas kristiani di Kepulauan Riau.

Barangkali terobosan terbesar yang dilakukan para Xaverian di kawasan ini aldha Karya di Kepulauan Mentawai. Kepulauan ini terletak 100 km di sebelah barat Sumatra dan belum pernah dijamah oleh misonaris katolik. Para Xaverian mulai berkarya di sana pada tahun 1954. Mereka menghadapi masyarakat yang masih terbelakang dengan segala segi kehidupannya. Penduduk setempat pada umumnya hidup sebagai nelayan kecil dan pola piirnya sangat sederhana. Para Xaverian memusatkan karya dalam bidang pendidikan, kesehatan, sosial dan keagamaan. Dalam bidang pendidikan para Xaverianlah yang membuka sekolah-sekolah di kampung-kampung dan merintis penyiapan kader-kader pendidik dengan asrama-asrama. Para Xaverian juga menggalang kerjasama dengan pemerintah, ketika pemerintah membuka SD-SD Inpres di sana. Alhasil, sudah terdapat puluahan guru asli dari Mentawai.

Di bidang kesehatan, para Xaverian mendapat bantuan dari suster-suster A.L.I. (Ausiliarie Laiche Internazionali) yang membuka poliklinik-poliklinik. Kini mereka ini juga sudah menjelajahi kampung-kampung untuk memberikan pendidikan kesehatan kepada para ibu, sambil terus menjalankan proyek-proyek panduan kesehatan.

Usaha dalam bidang sosial belum membuahkanhasil yang didambakan. Kegiatan penduduk Mentawai biasanya bersifat sementara. Tanah mereka subur, namun mereka suka berpindah-pindah. Dan penduduk Mentawai agaknya kurang teratur, sehingga sulit mengkoordinasikan kegiatan mereka. Namun kader-kader pertanian dan sosial telah dapat disiapkan.

Pada tahun 1975 Uskup Agung Medan, Mgr. van den Hurk, meminta bantuan Xaverian untuk melayani umat di Sumatra Utara bagian timur. Di kawasan ini tersebar luas umat katolik suku Batak yang berasal dari Samosir. Para Xaverian memegang paroki di Kisaran, Tanjung Balai dan Aek Nabara. Tugas pastoral mereka lakukan dengan mengujungi stasi-stasi, yang jumlahnya sekitar 100 buah, dengan khusus dalam hal pendalaman iman, mempersiapkan kader-kader melalui kursus-kursus dan melakukan inisiatif-inisiatif sosial, melalui Credit Union (CU) untuk mengatasi kesulitan ekonomi yang dihadapkan oleh para transmigran lokal.

Panggilan tugas para Xaverian di Sumatra kian bertambah. Permohonan baru disampaikan oleh Mgr. Anicetus B. Sinaga OFM Cap, Uskup Sibolga pada tahun 1981. Para Xaverian diminta untuk melayani Pulau Nias. Para Xaverian memusatkan karya mereka dalam usaha memperdalam iman umat, mengupayakan pelbagai usaha dibidang sosial dan pendidikan. Mereka dihadapkan pada tantangan yang tidak kecil, karena jumlah stasi Katolik di Nias tidak kurang dari 650 buah. Sejak tahun 2001, Pulau ini diserahkan kembali kepada keuskupan karena sudah dianggap cukup dewasa dan mandiri.

Perluasan karya Xaverian dari Pulau Sumatra ke Pulau Jawa terjadi pada tahun 1970. Pada tahun itu para Xaverian memulai karya di Jakarta. Tujuan semula sebenarnya hanya membuka prokur misi di sana, tetapi Uskup Agung Jakarta dapat memberikan izin jika memegang satu paroki. Mulailah karya di paroki Toasebio (Jakarta Kota) disusul dengan pembentukan paroki Pluit, pelayanan paroki Pademangan, dan pembentukan paroki Bintaro.

Pada tahun 1985, dimulaih bidang karya baru, yakni pendidikan calon misionaris dari kalangan pemuda Indonesia. Rumah pendidikan pertama adalah Wisma Xaverian, di Jl. Cempaka Putih Raya No. 42, dengan jumlah calon perdana sebanyak 10 pemuda Indonesia. Wisma ini tidak jauh letaknya dari Sekolah Tinggi Filsafat Driyarkara, tempat calon imam dari berbagai kongregasi menjalani studi filsafat. Tahap pendidikan yang dilakukan di Jakarta meliputi pendidikan Pra-novisiat, Novisiat, dan Studi Filsafat.

Berhubungan di Jakarta belum ada sekolah tinggi teologi Katolik maka pendidikan teologi bagi calon misionari Xaverian dilakukan di Yogyakarta, yakni di Universitas Sanata Dharma, Fakultas Teologi Wedha Bhakti di Kentungan. Untuk itu didirikan pula rumah bagi para frater teologan SX di sana. Seusai kurikulum studi, para misionaris menjalani masa training pastoral selama beberapa waktu di Indonesia sebelum diustus ke daerah-daerah misi Xaverian di Asia, Afrika dan Amerika Latin.  Saat ini, pendidikan teologi Xaverian tidak lagi dilakukan di Yogyakarta namun mengikuti peraturan dari Direksi Jenderal yang menetapkan pemusatan teologi internasional di 5 negara di dunia yaitu di Filipina, Meksiko, Kamerun, Amerika Serikat dan Italia. Dalam perkembangan berikutnya, rumah teologi di Yogyakarta dijadikan sebagai rumah animasi misioner dan pendidikan Tunas Xaverian (setingkat dengan KPA), dimulai pada bulan Juli 2003.

Demikianlah keberangkatan penuh derita dari Cina limapuluh tiga yang lalu menghasilkan pemberangkatan tenaga-tenaga baru dari bumi pertiwi yang membawa kegembiraan ke banyak bagian dunia lainnya. Putra-putra Indonesia berperan serta dalam mengemban tugas universal Xaverian